源泉徴収ありの特定口座ごとに、確定申告の対象とするかどうかを選択できます

証券会社2社で取引をしていて2社とも源泉徴収ありの特定口座です。この内1社の取引のみ申告することはできますか？

できます。申告するかどうかは、特定口座ごとに選択できます。

https://www.nta.go.jp/users/gensen/nisa/pdf/jyojyokabushiki.pdf